Die Cranio-Sacrale-Therapie beruht unter anderem auf der Annahme, dass die rhythmischen Pulsationen der Gehirn-Rückenmarksflüssigkeit (Liquor cerebrospinalis) sich auf die äußeren Gewebe und Knochen übertragen und ertasten lassen. Es wird angenommen, dass die Einzelknochen der Schädelkalotte gegeneinander beweglich sind.
Durch Berührung von Kopf und Rücken wollen die Therapeut*innen Informationen über mögliche Blockaden dieser Bewegung sammeln und dadurch auf Funktionseinschränkungen an Körper und Schädel einwirken, sowie indirekt auch Membranen innerhalb des Schädels (Falx cerebri, Tentorium, Falx cerebelli) und die harte Hirnhaut (Dura mater) beeinflussen.
Dieses Vorgehen soll einen angenommenen „Energiefluss“ verbessern und Selbstheilungskräfte aktivieren sowie Funktionseinschränkungen und seelische Traumata lösen.